Con el lanzamiento de esta tercera entrega, los tres principales "villanos" en la nueva saga de Star Trek han sido interpretados por actores que también han actuado en películas de Marvel. Eric Bana (Star Trek, 2009) fue Bruce 2.
Star Trek: Beyond’ se estrenó justo para celebrar los 50 años del debut de la serie original; así como 30 años después del lanzamiento de 'Star Trek IV: The Voyage Home' (1986), 25 años después del estreno de 'Star Trek VI: The Undiscovered Country' (1991) y 20 años después del lanzamiento de 'Star Trek: First Contact' (1996).
En 'Star Trek: Beyond' existen dos James Kirk. El Director Técnico de Efectos Especiales de la cinta se llama igual que el Capitán Kirk.
Esta es la primera película, no de comedia, que Simon Pegg ha escrito.
Después de 'Star Trek III: The Search for Spock' (1984) y 'Star Trek: Generations' (1994), ésta es la tercera película de la saga que incluye la destrucción de la Enterprise.
La canción 'Sabotage' de The Beastie Boys no sólo aparece en 'Star Trek: Beyond', también en una de las primeras escenas de 'Star Trek' (2009), estableciendo que Kirk es gran fan del grupo. Y al parecer, el afecto es mutuo, ya que la agrupación era un gran fan de la saga. Canciones como 'The Brouhaha', 'Stop That Train' e 'Intergalactic' hacen referencias a la tripulación de la Enterprise.
Durante las grabaciones y la gira promocional de la película, el elenco de 'Star Trek: Beyond' se divirtió (y se volvió experto) haciendo dubsmashes.
El personaje del Comodoro Paris, interpretado por Shohreh Aghdashloo, es una referecia al Teniente Tom Paris y su padre el Almirante Owen Paris en 'Star Trek: Voyager' (1995). ¿Será que el personaje de Shohreh hace parte de esta familia o es sólo un nombre?
En la película se hace referencia a varias naves; una de ellas es la USS Franklin, la cual fue nombrada así por el padre de Justin Lin, Frank Lin; y cuyo número de registro NX-326 rinde homenaje a la fecha de nacimiento de Leonard Nimoy, 26 de marzo (sip, 3/26).
En varias entrevistas, Simon Pegg ha mencionado una base estelar: Yorktown. Aunque el nombre podría derivar de varias fuentes históricas, lo cierto es que "Yorktown" fue el nombre original que Gene Roddenberry le dió a la nave Enterprise, en los primeros borradores de la serie de televisión.